נכון להיום נושא קבילות בדיקת פוליגרף לעובד הינו יציר פסיקות בתי המשפט השונים ומאוד שנוי במחלוקת, ראשית לאור היעדר אמינות הבדיקה ורמת הדיוק שלה, לאור העובדה כי הינה מבוססת על בדיקת לחץ דם, דופק ומוליכות חשמלית של הגוף (הזעה) ותוצאותיה נמדדות בסך הכול ע”י בודק אנושי, ושנית בשל הפגיעה הבלתי מידתית בפרטיות העובד החשוף בפני שאלות ביקורת בלתי רלוונטיות לאותו הליך.
בפסיקה נקבע כי לשם קבילות בדיקת פוליגרף לעובד ע”י המעסיק יש צורך ב- 2 תנאים מצטברים: האחד, כי העובד נתן את הסכמתו המפורשת מראש לעבור את בדיקת הפוליגרף, השני, כי העובד מוכן לשאת בהשלכות של תוצאות בדיקת הפוליגרף כך שניתן יהיה לעשות שימוש בתוצאות הבדיקה בהליכים משפטיים, במידת הצורך.
לסיכום, במקום עבודה אשר נדרשת בו רמה גבוהה של אמינות מצד העובדים (כגון- עבודה בשירותי בטחון או בבנקים) רצוי להימנע מזימון עובדים בחברה לבדיקות פוליגרף שגרתיות ללא הסכמתם המפורשת מראש וללא כל סיבה מוצדקת.
כמו כן, יש להימנע מנקיטת פעולות משמעת או מניעת קידומם של עובדים אשר מסרבים לעבור את בדיקות הפוליגרף באופן שרירותי, כך שעל המעסיק המבקש לבצע בדיקת פוליגרף לאותו אותו לבסס זאת על נורות אזהרה נוספות המעלות חשד כלפיי העובד וכן לעמוד בכל תנאי הדין לצורך עריכת אותה בדיקה על מנת לשמור על קבילותה בדין.